Поглощение измеряется как разница в интенсивности между светом, прошедшим через эталон и образец, тогда как флуоресценция измеряется напрямую без какого-либо эталонного луча. Другими словами, флуоресценция измеряется на темном фоне, а поглощение измеряется на ярком фоне.
Теоретически проанализированы три важных фактора, влияющих на интенсивность излучения флуоресценции, включая поглощающую способность фотонов возбуждения, квантовый выход флуоресценции и насыщение флуоресценции.